后来，蒙古军两路攻宋，蒙哥率西路入川，攻战成都。忽必烈率东路，越天险长江与自云南北上潭州（今长沙）的另一支蒙古军合围鄂州（今武昌）。南京朝野震惊，宦官董宋臣提请避兵迁都四明（今宁波），以便理宗随时逃往海上。对此。文天祥仅以进士身分大胆上书直言：“陛下为中国主，则当守中国；为百姓父母，则当卫百姓。”请斩董宋臣以安人心。后因蒙哥病死，忽必烈欲北归争夺汗位，才允准南宋右丞相贾似道秘密称臣纳贡后撤军。

贾似道转而谎报朝廷：“诸路大捷”，被加封卫国公，大权独揽。继而度宗即位，耽于酒色，贾似道欺上瞒下，国事益乱。文天祥奏疏无人理睬，只被派一闲差。

此后十几年中，文天祥断断续续出任瑞州知州、江西提刑、尚书左司郎，或半年或月余。后来又因讥责贾似道而被罢官。