朱熹一生从事理学研究，又竭力主张以理学治国，但却不被当道者所理解，加之他在政治道路上举步艰难，所以其结局十分不妙。然而他为了实现自己的学说，却表现了孔子那种“知其不可而为之”的精神。公元1162年，他向孝宗上封事说： “帝王之举，必先格物、致知，以及夫事物之变，使义理所存，纤细必照，则自然诚意、正心，而后可以应天下之务”。劝说孝宗以身作则，遵照儒家经典中的义理办事，“任贤使能，立纲纪，正风俗”，以期达到国官兵强，抗金雪耻的目的。至次年，朱熹又乘孝宗召见之机，重申前议说：“大学之道，在于格物以致其知。陛下未尝随事以观理，即理以应事，平治之效，所以未著”。上述建议的基本内容是要求用“三纲领”（即明明德、亲民、止于至善）和“八条目”（即格物、、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下）为指导。先从皇帝本身做起，再施行于臣民。这些意见虽受到孝宗的赞许，但因阻力太大，未能得以施行。

在知南康军任上，朱熹又应诏上疏说：“天下之务，莫大于恤民，而恤民之本，在人君正心术以立纪纲。”（《年谱》卷2）在这次上疏中，由于他力陈时弊，指斥朝中谏官失职，使皇帝言路闭塞，“所与亲密谋议，不过一二近习之臣。上以蛊惑陛下之心者，使陛下不信先王之道，而悦于功利之卑说，不乐庄士之谠言，而安于私督之鄙态。下则招集天下之士大夫之嗜利无耻者，文武汇分，各入其门。交通贿赂，所盗者皆陛下之财；命卿置将，所窃者皆陛下之柄。”（同上）这次上疏，虽是耿直之言，但却触怒了皇帝，幸好有人帮他说情，这才免于治罪。此后不久，朱熹便感到其理想难于实行而辞去官职，专心研究经学，讲论义理。不过，他并未就此罢休，还是继续向孝宗进言国事。有人劝他：“正心诚意之论，上所厌闻，戒勿以为言。”朱熹讲：“吾平生所学，惟此四字，岂可隐默以欺吾君乎？”（《宋史》本传）公元1188年，朱熹又借孝宗召他入对之机，大讲“正心诚意”，共上《奏札》 5篇，其中以《戊申封事》著称于时。《封事》说：“今天下大势，如人有病，内自心腹，外达四肢，无一毛一发不受病者，且以天下之大本与今日之急务为陛下言之。大本者，陛下之心；急务则辅翼太子，选任大臣，振纲纪，变化风俗，爱养民力，修明军政六者是也。……今日官省之间，禁密之地，而天下不公之道，不正之人，顾乃得以窟穴盘踞于其间。是以纲纪不正于上，风俗颓弊于下。”此《封事》达于宫中，孝宗已就寝，又立即起床，秉烛披阅，并于次日下诏，授朱熹主管太一宫，兼崇政殿说书。朱熹虽力辞未就，但说明这次上奏得到了重视。

宁宗即位之后，朱熹得到提倡理学的宰相赵汝愚推荐，官拜焕章阁侍制兼侍讲。这是朱熹一生唯一的一次在朝中作官，他抓住为皇帝讲书的机会，多次向宁宗大谈 “正心诚意”的意义，要求皇帝身体力行。他在进言中，指出朝廷不应在京畿百姓遭灾之年大兴上木，“以慰斯民饥饿流离之难”；二是要求宁宗“下诏自责，减省舆卫”；三是要求整肃纪纲，以维护朝廷的尊严，令“近习不得干预朝权，大臣不得专任己私”。（《文集》卷14，《经筵留身而陈四事札）这些言论，引起了宁宗的反感，而朱熹仍多次进言，“斥言左右窃柄之失”（《宋史》本传）。这更使宁宗对他产生了厌恶之心，仅在朝40日，就被撤去职务。此后，他只好回到家乡，专心从事讲学著书。不久，赵汝愚也受到实权人物韩囗胄等人的排挤而失去相位。接踵而来，便发生了一场反理学的斗争。公元1195年，由监察御史沈继祖出面。指控朱熹犯有十大罪，又说他是一个伪君子。甚至有人上书请斩杀朱熹，使他终于受到 “落职罢祠”（取消做官资格）的处分。公元1196年，又“更道学为伪学”，列《六经》、《语》、《孟》、《中庸》、《大学》为禁书。公元1198年再下诏，令道学伪邪之徒“改视回听”，若“进非不悔”，则“必罚无赦”。同时又制定了《伪学逆党籍》，列为“道党”者共59人，其中包括宰执4人，待制以上13人，其他官员31人，武臣3人，士8人。这是一次重大的政治事件。在这次事件中，朱熹受到了沉重打击，以至门人故交常过其门而不敢入。但朱熹却能镇静自若，照常“讲学不休”，直至老死。